Với những phát minh và những cải tiến dụng cụ như trình bày ở trên, rất nhanh chóng Nội soi trở thành phương tiện không thể thiếu trong chẩn đoán bệnh của nhiều cơ quan, bộ phận của cơ thể, đặc biệt là đường tiêu hóa. Người ta đã nói rất đúng là: "Sự ra đời của Nội soi là một cuộc cách mạng lớn trong chẩn đoán các bệnh đường tiêu hóa". Trong đa số các trường hợp, nội soi hơn hẳn X quang, mà trong gần một thế kỷ qua X quang là phương tiện chẩn đoán chủ yếu các bệnh đường tiêu hóa. Có thể nói rằng: Kỷ nguyên X quang đã qua đi và được thay thế bằng Kỷ nguyên Nội soi. Dĩ nhiên Nội soi không thể thay thế được X quang. Mỗi phương pháp có vai trò và chỉ định riêng, chúng luôn luôn hỗ trợ nhau.
Ngày nay Nội soi hằng ngày được dùng trong chẩn đoán và điều trị. Ở nước ta phương tiện nội soi đã có ở tất cả các bệnh viện cấp thành phố, cấp tỉnh và cũng đã có ở một số bệnh viện cấp huyện và các bệnh viện tư nhân loại nhỏ.
Chảy máu đường tiêu hóa trên là biến chứng rất thường gặp. Trong đa số các trường hợp, có nhiều khó khăn khi chẩn đoán nguyên nhân của chảy máu. Chảy máu do vỡ tĩnh mạch thực quản dãn, hội chứng Mallory-Weiss, viêm dạ dày, loét dạ dày, loét tá tràng, ung thư dạ dày hay nhiễm trùng đường mật. Nội soi thực quản dạ dày tá tràng giúp chúng ta xác định chắc chắn nguyên nhân của chẩn đoán.
Soi thực quản dạ dày tá tràng có thể được thực hiện khi tình trạng bệnh nhân không tốt, huyết áp không ổn định và có thể được thực hiện ngay tại giường bệnh, không cần di chuyển bệnh nhân. Thủ thuật soi tiến hành khó khăn khi máu chảy ồ ạt che lấp nên không quan sát được thương tổn và khi bệnh nhân không chịu hợp tác với thầy thuốc.
Chảy máu do vỡ tĩnh mạch thực quản dãn trong hội chứng tăng áp lực tĩnh mạch cửa là một biến chứng gặp nhiều. Chẩn đoán không khó nếu có đầy đủ các triệu chứng của hội chứng tăng áp lực tĩnh mạch cửa. Chẩn đoán rất khó khi không có các triệu chứng hay có nhưng không điển hình. Khi khó, phương pháp duy nhất khẳng định thương tổn này là Nội soi thực quản dạ dày.
Chảy máu do vỡ tĩnh mạch thực quản dãn là một biến chứng nặng, rất dễ dẫn tới tử vong. Ðiều trị cấp cứu bằng nhiều cách: thuốc men, đặt bóng Blakemore chẹn các tĩnh mạch đang chảy máu, thắt vòng quanh thực quản mà trong lòng đã được đặt một ống ghép bằng nhiều mảnh theo kỹ thuật Worssung, phẫu thuật khâu các tĩnh mạch thực quản dãn đang chảy máu của Criles, phẫu thuật triệt mạch của Sugiura, cắt đôi thực quản rồi khâu lại, cắt đôi dạ dày ở trên cao rồi khâu lại theo Tanner, cắt đôi lớp thanh cơ mạc dạ dày cầm máu dưới niêm mạc rồi khâu lại và rất nhiều các phẫu thuật nhằm làm hạ thấp áp lực tĩnh mạch cửa như phẫu thuật nối tĩnh mạch cửa-chủ cấp cứu. Các phương pháp điều trị trên thường không hiệu quả cầm máu lại quá lớn, quá nặng nề đối với một bệnh nhân đang trong tình trạng rất xấu.
Ngày nay với Nội soi, người ta đã sử dụng nó trong điều trị biến chứng này: Chích xơ tĩnh mạch thực quản dãn, Thắt tĩnh mạch thực quản dãn, Vừa chích xơ vừa Thắt tĩnh mạch. Thủ thuật được dùng trong cấp cứu khi máu đang chảy, được sử dụng khi chảy máu đã ổn định hoặc khi phát hiện có dãn tĩnh mạch thực quản chưa chảy máu với mục đích là phòng ngừa chảy máu. Năm 1973, Johnson và Rodgers chích xơ tĩnh mạch thực quản đạt kết qủa rất tốt trên một số liệu lớn bệnh nhân. Thắt các búi tĩnh mạch thực quản dãn qua nội soi được Stiegmann đề xuất và Yamamoto thực hiện năm 1990. Ở Việt nam nhiều bệnh viện đang có những công trình xác minh giá trị của các kỹ thuật này.
Chảy máu từ dạ dày tá tràng do nhiều nguyên nhân, gặp nhiều hơn cả là do loét. Thái độ xử trí khác nhau, tùy theo nguyên nhân. Chảy máu do viêm, thái độ xử trí là điều trị bảo tồn vì máu có thể ngưng chảy bằng điều trị nội khoa. Chảy máu do ung thư thì phải mổ cấp cứu cắt dạ dày.
Chảy máu do loét thì tùy diễn biến lâm sàng và tùy thuộc vào mức độ của thương tổn loét mà chọn phương pháp điều trị, bảo tồn hay can thiệp. Mức độ của thương tổn chỉ có thể xác định bằng Nội soi. Ổ loét quá xơ chai khả năng tự cầm máu rất ít, chích thuốc tại chỗ gây co mạch, tắc mạch, chẹn mạch kết quả rất mỏng manh, thường phải cắt đoạn dạ dày lấy ổ loét. Khi ổ loét không đến nỗi quá xơ chai, qua Nội soi người ta chích thuốc chung quanh ổ loét để thuốc chèn vào mạch máu đang chảy làm ngưng chảy máu hay là dùng các phương pháp cầm máu khác, như tia Laser chẳng hạn.
Trong chảy máu đường mật khi soi thực quản không thấy dãn tĩnh mạch dãn, khi soi dạ dày tá tràng không thấy loét hay có thể thấy loét nhưng không thấy máu đang chảy hay không thấy vết tích của máu đã ngưng chảy như bờ và đáy ổ loét rớm máu hay có cục máu đông bít một động mạch thủng nằm ở đáy ổ loét.
Qua ống soi thấy trong dạ dày có máu hay không. Trong tá tràng thường có máu nhưng máu trong tá tràng có thể từ dạ dày chảy xuống, có thể từ đường mật chảy vào. Chắc chắn là chảy máu đường mật nếu thấy máu qua núm ruột lớn chảy vào tá tràng.
Chảy máu đường mật ở các xứ nhiệt đới thường do nhiễm trùng đường mật mà nguyên nhân là do sỏi. Hy vọng qua Nội soi có thể lấy sỏi và với nước nóng bơm rửa đường mật điều trị được nhiễm trùng đường mật.
Ngày nay, Nội soi không thể thiếu trong chẩn đoán biến chứng chảy máu đường tiêu hóa trên, đặc biệt là trong chẩn đoán nguyên nhân. Nội soi cần khi máu đang chảy và cần khi chảy máu đã ổn định. Nội soi giúp bác sĩ nội khoa an tâm khi dùng thuốc, giúp phẫu thuật viên vững vàng khi cầm dao mổ.
Các bệnh của thực quản gặp nhiều nhất là Ung thư và đứng hàng thứ hai là Co thắt tâm vị. Hai bệnh này có những triệu chứng đặc hiệu. Nhưng lâm sàng và cả với những phim X quang chất lượng tốt cũng có thể lầm lẫn ung thư với co thắt tâm vị. Trong những trường hợp khó chẩn đoán, nội soi giúp ích rất nhiều.
Trong ung thư, nội soi giúp xác định chính xác thương tổn: vị trí của thương tổn, mức độ rộng hẹp của lòng thực quản. Qua Nội soi làm sinh thiết thương tổn giúp xác định ung thư. Xét nghiệm mô học còn cho biết ung thư phát sinh từ thực quản với các tế bào biểu mô lát tầng hay từ dạ dày lan lên với các tế bào biểu mô hình trụ.
Các bệnh của dạ dày-tá tràng rất phổ biến. Bốn thương tổn gặp nhiều là Viêm niêm mạc dạ dày, Loét dạ dày, Loét tá tràng, Ung thư dạ dày.
Viêm niêm mạc dạ dày không thể khẳng định bằng lâm sàng. Hình ảnh X quang chỉ rõ khi thấy các nếp niêm mạc nổi thật to. Phương pháp chẩn đoán xác định duy nhất là Nội soi. Noi soi cho thấy hình ảnh sung huyết, xuất huyết, viêm trợt, giả pôlíp...
X quang chỉ thấy được các ổ loét khi đã lớn. Khi ổ loét mới còn nhỏ còn nông thì X quang bỏ sót. X quang chỉ thấy được các ổ loét nằm ở bờ cong nhỏ, khi ổ loét nằm ở mặt trước, mặt sau, ở phình vị, ở bờ cong lớn thường rất khó thấy. X quang có vùng mù, Nội soi nhìn thấy toàn bộ niêm mạc dạ dày.
X quang chỉ chẩn đoán được ung thư ở giai đoạn phát triển, không thể khẳng định chẩn đoán ung thư dạ dày ở giai đoạn sớm. Khi thương tổn ung thư chưa lớn lại nằm ở phình vị thì X quang dễ bỏ sót. Nội soi có thể phát hiện những thương tổn ung thư ở giai đoạn sớm khi tế bào ung thư khu trú ở lớp niêm mạc.
X quang chính xác hơn Nội soi (không có siêu âm) khi đánh giá mức độ thâm nhiễm của thành dạ dày và chính xác hơn khi định khoảng cách từ tâm vị đến giới hạn trên của thương tổn ung thư ? Dữ kiện này giúp phẫu thuật viên chọn lựa phương pháp mổ.
Nội soi không những cho thầy thuốc nhìn trực tiếp thương tổn mà còn giúp thầy thuốc chải niêm mạc nơi có thương tổn làm xét nghiệm tế bào, sinh thiết niêm mạc làm xét nghiệm mô học. Xét nghiệm tế bào và xét nghiêm mô học giúp chẩn đoán phân biệt giữa loét lành tính và thương tổn ung thư. Sinh thiết còn giúp tìm vi khuẩn Helicobacter pylori qua nhận dạng, qua xét nghiêm mô học, qua nuôi cấy hay qua CLO test (Campylobacter Like Organism) test tìm men urease, qua xét nghiệm PCR. Rất cần thiết tìm sự hiện diện của Helicobacter pylori ở niêm mạc dạ dày vì ngày nay người ta đã khẳng định vi khuẩn Helicobacter pylori là một trong những nguyên nhân của các thương tổn ở dạ dày. Phương pháp điều trị khác nhau khi có hay khi không có vi khuẩn H. pylori.
Từ ngày Nội soi dạ dày tá tràng được sử dụng rộng rãi, bệnh loét dạ dày tá tràng giảm hẳn, nhất là các ổ loét dạ dày tá tràng cần phải điều trị bằng phẫu thuật. Lý do là các thương tổn viêm, loét được chẩn đoán sớm và điều trị đúng nguyên nhân nên có hiệu quả.